De restauratie van de gasthuisapotheek was een proces van jaren zo niet decennia. Wanneer het OCMW van Aarschot in 1978 de apotheek overnam van de grauwzusters werd er in de overeenkomst al opgenomen om de apotheek op termijn een museale functie te geven. Tot 1994 zou de ruimte dienst blijven doen als apotheek. Na jaren van leegstand werden in 2009 de eerste stappen ondernomen om over te gaan tot een renovatie. Het zou evenwel nog duren tot de 2021 vooraleer de werken effectief van start zouden gaan. Na een lange tussenperiode van gewijzigde visies, beheers- en vernieuwingsplannen werd in 2018 een subsidiedossier ingediend bij het departement Onroerend Erfgoed van de Vlaamse Overheid. In 2021 maakte de Vlaamse regering een bedrag van 87 004, 14 euro vrij voor de renovatie, de initiële renovatiekosten werden geraamd op 129 509 euro.

Architectenvennootschap Atran uit Tongerlo werd aangesteld voor de coördinatie van de werken, aannemer Renotec stond in voor de uitvoering ervan. De apotheek kreeg een herbestemming als extra ticketbalie voor cultuurcentrum Het Gasthuis. Het interieur werd hersteld naar haar oorspronkelijke 18de-eeuwse uitzicht. Een studie van Carolien Vandegehuchte van het Studiebureau Monumentenzorg uit Tessenderlo ‘Bouwhistorisch en materieel technisch onderzoek van het voormalig Sint-Elisabethgasthuis te Aarschot’, uitgevoerd in 2004, met o.a. steekproefsgewijs kleuronderzoek, de inschatting van de erfgoedwaarde en welke belangrijke elementen er nog aanwezig waren in de apotheek, vormde een belangrijke leidraad voor de renovatie. Er werd voor gekozen om zoveel te behouden wat bouwfysisch mogelijk is. Dat betekende dat de restauratie niet de bedoeling had om het aspect van een bepaald authentiek tijdskader opnieuw te creëren, maar de bruikbare elementen uit verschillende periodes te handhaven. De apotheek werd zo een getuigenis van haar geschiedenis.

Het uitzicht van de gerestaureerde apotheek verschilt danig van datgene dat Aarschottenaren die de apotheek nog gekend hebben zich zullen herinneren. De bonte verzameling van bruine lades, groene achterwanden, witte lijsten en imitatiemarmer hebben plaatsgemaakt voor een eenvoudig blauw en wit interieur waarin vooral de sierlijke opschriften in bladgoud de aandacht trekken. Kleuronderzoek waarbij met een scalpel de verschillende verflagen vrij gelegd werden, toonden aan dat dit de oorspronkelijke 18de-eeuwse kleuren zijn. De lade met het opschrift R. Imperato werd volledig vrijgelegd, bij de hoeklade boven de rocailles met het opschrift H. Card: B werd ervoor gekozen om de oorspronkelijke verflaag deels vrij te leggen en ze te laten contrasteren met de nieuwe, overschilderde laag. De overige lades en kasten werden volledig overschilderd. Het interieur volledig vrij leggen tot haar oorspronkelijk verflaag, zou niet alleen enorm arbeidsintensief en dus duur geweest zijn, er zou ook een stukje geschiedenis verwijderd zijn. Vandaar de keuze om het gehele interieur te overschilderen.

Het valt moeilijk na te gaan van wanneer de bruine overschildering van het oorspronkelijk interieur dateert. Wel is duidelijk dat het schilderwerk veel minder verfijnd, je zou zelfs kunnen stellen slordig, uitgevoerd werd in vergelijking met het 18e-eeuwse schilderwerk. Dit komt vooral tot uiting in de opschriften in bladgoud. Apotheker Guy Gilias kon elke tekstvlak duiden tot een farmaceutisch product.

Het bepalen van de kleur gebeurde op basis van een visuele vergelijking met een kleurenschaal en werd in de apotheek zelf uitgevoerd. De verf is een moderne olieverf.

Buiten het blauw zal je weinig andere kleuren zien. Alleen het plafond had oorspronkelijk een witte en witgrijze kalkverf. Zelfs de opstanden aan de toog die in de laatste versie gemarmerd waren en duidelijk niet van in het begin aanwezig waren, kregen de blauwe kleur. Verrassend daarentegen was het feit dat de rocailles aan de toegangsdeur oorspronkelijk wel blauw geschilderd waren daar waar men een andere kleur had verwacht

Tijdens het proces van de restauratie werden geen grote verrassingen vastgesteld. Ondanks het feit dat de apotheekmeubels in de voorbije decennia ontmanteld waren, vormden de delen een intact geheel. De beschadigingen waren minimaal. Een bijzondere vaststelling was dat de kasten geen achterwand hadden. Dat is eigenaardig want op die manier was het mogelijk dat ongedierte en vocht de producten zouden kunnen aantasten. Die muren werden bij de restauratie tegen vocht geïmpregneerd en met een flinterdunne pleisterlaag bedekt. Hoe weinig dit ook was, de lades pasten niet meer perfect en dienden bijgeschaafd te worden.

Deuren, ramen, klinken en zelfs de cementen vloertegels uit de 20ste eeuw werden behouden. Het marmeren toogblad is er nog altijd maar wordt beschermd door een zwarte bedekking. Moderne aansluitingen en apparatuur werden geïnstalleerd zodat de apotheek in haar nieuwe hoedanigheid als ticketbalie de komende jaren zal kunnen dienstdoen. De bijhorende potjes en weegschalen werden teruggeplaatst en in de inkomhal voorziet een display de bezoeker van enkele historische wetenswaardigheden over de apotheek. Op deze manier wordt de functionele ticketbalie, gecombineerd met een museale invulling, zoals ook de wens was van de grauwzusters toen ze het beheer van de apotheek eind jaren 70 overlieten aan het lokale bestuur.